feat(investigation): preserve cumulative reference graphs

Accumulate investigation paths and preserve failed attempts across rounds. Keep graph annotations separate from execution state, synchronize the API contract, and consolidate documentation.

README.md

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 `next-tjwater-server` 是 NextTJWater 供水系统的 FastAPI 后端，提供认证、项目、管网、模拟、爆管、漏损、SCADA、地图服务、工况任务和受控 MCP 能力。业务数据和时序数据按已认证项目路由，后台工作进程也必须使用明确的项目范围。
 
+协议、工作进程、数据库、SCADA 与历史资料索引见 [文档目录](docs/README.md)。
+
 ## 技术栈
 
 - Python 3.12
@@ -213,7 +215,7 @@ Gitea Actions 工作流位于 `.gitea/workflows/package.yml`，可手动触发
 
 ## 产品 MCP 查询
 
-Server 可选启用 MCP 2026-07-28，默认关闭。当前目录包含 67 项类型化工具，其中 42 项查询、12 项计算、13 项预览式写入。MCP 使用专用 OAuth resource Bearer、宿主绑定上下文和现有项目或任务权限，不提供自由命令执行。
+Server 可选启用 MCP 2026-07-28，默认关闭。目录包含查询、分析计算、预览式写入和计算任务管理工具；可用项以 `app/mcp/catalog.py` 及当前授权目录为准。MCP 使用专用 OAuth resource Bearer、宿主绑定上下文和现有项目或任务权限，不提供自由命令执行。
 
 写入工具默认只执行 `dry_run`。真实写入必须使用同一 `request_id`，带上预览返回的 `expected_digest`，并通过宿主原生许可和项目权限检查。超时或结果不明时先查询操作状态，不盲目重试。实施、启用和授权边界见 [MCP 实施与启用](docs/mcp-query-implementation.md) 和 [协议与旧 CLI 能力对照](docs/mcp-query-design.md)。